做外泌体，找宇玫博。做miRNA，如何找靶基因？
有位道友说，国家给了两个多亿的外泌体课题经费，真心觉得外泌体这块云彩要下雨了，彩虹要出现了，外泌体已经成为当仁不让的热门研究，小编连连点头。虽然很多人都知道做外泌体，找宇玫博；也有很多人知道外泌体中富集miRNA，下游的miRNA-靶基因验证研究是必不可少的实验之一；但是，您知道做miRNA，如何找靶基因吗？小编今天就偷偷把技术支持的miRNA与靶基因结合预测的SOP拿出来给各位客户大大分享一下，让您分分钟学会！
我们以hsa-miR-218-5p与人DISC1预测为例：
步骤1：查找miRNA信息，网站：http://www.mirbase.org/ 输入hsa-miR-218-5p，点击“go”
点击进入查看详情：
获取序列：
>hsa-miR-218-5p MIMAT0000275
UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU
步骤2：查找靶基因mRNA信息
网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
下载mRNA序列，找到3 UTR区序列：
＞DISC1 3UTR
ggagtgacgggatgggggagggaggtgggccaccatgtttggacccggggggctgctcttccctcccccgccatagctaagatgcctgaatcaattacggagatacagagccttgaggtctttcagtggaaaggtggttcatgttcattctcatcagtgtgaaactgaggagtctgcaatttggaatatggagagagagactgatttgctgaatttccttctaaatgtcactcaaaaatttcttttccatgtcattcttgggaatgtcttccacaggatttgagaatagtttcatctcagcccccattagagagaagttggggtgaattctggaaaaatgtctctttttcctgtgccatttgccttctgctgcaacgaaaatatttcctgattcaagattctataaaaaggaaaccaagcataagactctgtcatcatacctgttacacgttcctacaggtgcacaatctaagagagctaattaacctcagagtctggagttaacagcttttcaccttacttctcctgtgatctaatattatcttagaaaaattaatatgcaatttccaaaagatattttggtaagacaacaacctcccagtgatatgccacctttcaattttccttttgtggcaatgattgcatctgaagaaaggatccctgagagtctctgtttcatcaggacattctgaaatttacccacagtgaggctgtggatggatcaggggacctgtataaaatgtttgagcctgttccattttcccgtggaacctgtttcactcaatgccaggcagtgcagcatttaggaaagcagtgcagtactcagtaaggcagtgcagtactcagtaacacaatacagtactcaggcagtgcagtactcagtaagacagtgcagtgctcagtaaggcagtgcaatactcagtaacagtgtagtactcagtaacagtgaagtactcagtaatacagtacagtattcagtaaggcagtgaagtactcagtaatacaatacagtactcagttaggcagtgcagtactcaggaatgcagcacagtactcaggcagtgcaatactcagtgcggtactcagtaacacagtgcagtactcagtaacagtgcagtactcagtaacagtgcagtactcagtaaggcagtgcagtactcagtaacacagtgcagtactcagtaatacagtacagtactcagtaaggcagtatggtactcagtaaagcaatgcaatgctcagtaacacagtgcagtgctcaataaggcagtgcagtgctcagtaaggcagtgaattgcttagtaacacagtgtagtgctcagtaggacagcatagtactcagtaacacagggcagctagtactcagtactataagtactgagtacttatataggcaatgtagtactcagtaaatcagtgcagtactcagtaatgcaagggcatttcaggctcctgctgggctgcttctttggcccagctgggactcctattgagacagctgcaaaacaggctgatttcaattaggcagcacttcccaaagtgcactgaggaaggtggccccaagagaagctctctaaacaaaggagtaccctctctggtcaagtacctttggtaaatacaccataccataatatctgcttggagaaccacaatgcacattagcatattagtctgagagagaacttatagtaaggaaactcacttgattttatctaacctcaaactttccaagtttaatggatcgtgaatttttttcatgtaactcctattcatatcccatagatctagtattgtacagcactgcattctctgaggaagtcccagtccaaactctgatttacatcactttagaaaccacactcacacttttgcagagtgttgagcttaataactacctgccacagattggtaaatttaatccagtggttgttctgtttgtgcttctgttctcatttatgtgtttagggatagtgaggttcctgccttcactaggatccacggatatgagaccatttttgtcatttcctgaagtcacactggcgtttccagaaggcatctggtgctttgctcagccttccatgctgtgcagcacttctgtcctcagtcaaggagatggccatgcttaagccagcaattggctggggtccaggaaacaaagcaaaagcacaatatgtgaatgtgctgattgtgttccctatggctttatctcgagcaaaatacactctacatattttaataataagtataattagcttgttcctggacttcattttcaatgatgaaccaaattcctgaattatttataattgtgtctaaagaaaattatgaactggtcacatggcacttggaatccttgagttaattccagtgaagcaaaacttgggaagagtcaggattggccacattgccaataacaaattcctacttcgacatatgtcttttcaaaaagcctcccagacacaagacatcttaaccgtcactagcccaagtgttttgtattactcagacaccatcatgaaataattctgtgaggtcatgatgtatttgaaaattctgcaagttaataactgccttgaattgtttgaacccgaaataagggttctttggtacctctagtagatagtgtgttcatttccctgctgcaaattttgaagtatttgggcaggtgagtcatgttttaaccacaagccataactcatctgttgtctttgcttggtcttagagtatcattcagaaagtccgctaagggccagcgtgcttcttctggctacacaaccttctcaggacaagcccactgtcttaagccactttgaccctgggagacacaggactgtgtatcctcaatcatactatacagcagtttttgtcaggggaacataaaaatatccaagagaggttagggcttagatttaaaagcatcaaaacaacaacaatggaaatttatgttggcgatagccaagaccacaagcaaaagcacatactggaaatgatgagttagaatctgatttgactgggatgttttatgagaatgtaagtgtgatattatactgtctgccttgctggaatgctggctttcaaatggtcacccatttttctttcactggcctgagttaggacatgctatcagtaatagtcccagttccatccaactttctgaaatttcatttttttttttgagatggagtctctctctgtcacccaagttggagtgcagtggccccgcaatctcggctcactgcaacctctacctcccaggttcaagctattctactgcctcagcctcccaagtagctggggttacaggcatttgccaccgggccctgatgatttttgtatttttagtagagacagggcttcaccatgttggctaggagggtctcaaactcctgacctcaggcgatccacccccacctcggcttcccaaagtgctgagattacaggtgtgagccaccgcacccggccaactttctgaaatttcaaaactgaattgatccttctccaaattagtatatactattggaaacttgtctttccctgcagtaaggctggtttccccaccccagaaacatgtaacggttggtaccatgctaagcccttgccatgctaagccctttacagtcatatcctataatccccatatcaaccttataaggaaggtgtttgtagatgatgcaactgagccttaagaggactaattccctttttctaaggcacagagctggtaaaatgtgaagtaatagtgaacctaacagtcagagacaggcagcatgctcttaactagtgctcttcctaaagttcctttaatgtccttttgagattttgagccatggaacttacttgttcacctggctaagaactcatggccactgtggaaatcttggttagggagtcaaagaaactgagcctggggcaaacgaggcttcccacactgccaggggagcctcactgtgaagtctaggctcagacaggcatcaacaaacctattcaccccaccatcatcctgatctaaccattccccagtcatcccaggaaaaccactcacagcctgacactgggctgactttcttgaagatcctcatccaattggtgtttttcagaagtgttccaatattatgaattctgtgttgtggagaaaagcaaccatgcatttactggtcaatgccttcttgtatatgtaattcaatacttttacttttaatatcctcaccttatctaatctttgaattttgtcatgtaatttattgcttcattaaggttactttttgttatacaaaataaaagctgatatccaaggcatggtgcatcttgatgattttttgtcctttgaagtatggatgatagaaaaatgtatcaggtttattcatctcatctttctgttacaggatgattaattgtacagttacatcacacgaaacatttataataaagtcatgctttagaaaaaaaaaaaa
步骤3：预测
预测网站：
2、 http://34.236.212.39/microrna/home.do
3、 http://www.targetscan.org/vert_71/
4、 https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid?id=rnahybrid_view_submission
网站1：http://mirdb.org
输入microRNA或者靶基因
无结果
网站2：http://34.236.212.39/microrna/home.do
网站3：http://www.targetscan.org/vert_71/
输入miRNA或者靶基因：
无结果
网站4：https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid?id=rnahybrid_view_submission
输入基因3UTR序列及miRNA序列（注意格式）
点击“next”，继续点击“next”，再点击“start calculcation”，得到预测结果：
步骤4：分析结合域:
核心结合区域：tgtggatggatcagggga
突变后结合域：tCACCaACCaAcaCCgCa
步骤5：构建，通常构建结合域上下游360 bp
> DISC1_3UTR_Wildtype 360bp
Cttagaaaaattaatatgcaatttccaaaagatattttggtaagacaacaacctcccagtgatatgccacctttcaattttccttttgtggcaatgattgcatctgaagaaaggatccctgagagtctctgtttcatcaggacattctgaaatttacccacagtgaggctgtggatggatcaggggacctgtataaaatgtttgagcctgttccattttcccgtggaacctgtttcactcaatgccaggcagtgcagcatttaggaaagcagtgcagtactcagtaaggcagtgcagtactcagtaacacaatacagtactcaggcagtgcagtactcagtaagacagtgcagtgctcag
> DISC1_3UTR_mutant 360bp
cttagaaaaattaatatgcaatttccaaaagatattttggtaagacaacaacctcccagtgatatgccacctttcaattttccttttgtggcaatgattgcatctgaagaaaggatccctgagagtctctgtttcatcaggacattctgaaatttacccacagtgaggctCACCaACCaAcaCCgCacctgtataaaatgtttgagcctgttccattttcccgtggaacctgtttcactcaatgccaggcagtgcagcatttaggaaagcagtgcagtactcagtaaggcagtgcagtactcagtaacacaatacagtactcaggcagtgcagtactcagtaagacagtgcagtgctcag
构建载体：载体信息：pmirGLO
构建方案： 将3UTR和3UTR-mutant分别构建到pmirGLO的MCS位点处，构建成为Luc-3UTR和Luc-3UTR mutant
参考文献：
Downregulation of miRNA-200c links breast cancer stem cells with normal stem cells. Cell. 2009 Aug 7;138(3):592-603. doi: 10.1016/j.cell.2009.07.011.
miR-3188 regulates nasopharyngeal carcinoma proliferation and chemosensitivity through a FOXO1-modulated positive feedback loop with mTOR-p-PI3K/AKT-c-JUN. Nat Commun. 2016 Apr 20;7:11309. doi: 10.1038/ncomms11309.
Exosomal microRNA-155-5p from PDLSCs regulated Th17/Treg balance by targeting sirtuin-1 in chronic periodontitis. J Cell Physiol. 2019 Nov;234(11):20662-20674. doi: 10.1002/jcp.28671. Epub 2019 Apr 23.
好了，以上内容就是小编给大家分享的了。如果您有时间可以自己尝试一下，如果没有时间，我们也可以帮您预测。上海宇玫博生物有专门的技术人员和仪器设备做这个事情！
