癌症基因组学培训班

2019-06-19


课程简介:

随着二代测序技术的广泛推广,利用组学的技术破解癌症的密码成为了不可或缺的分析手段。另一个巨大的优势是美国及国际上启动的多个癌症基因组学数据大量积累,也为我们分析比较自己的数据提供了广泛的数据基础。举办为期2天的癌症基因组学实战培训。希望通过系统的学习帮助癌症相关领域研究者了解当前癌症基因组学发展前沿,并能独立利用各类在线分析工具针对癌症基因组学的数据进行gene set comparison、functional enrichment analysis、differential expression analysis、heatmap profiling 、network-based data visualization及survival analysis。

课程特点:

1.      主讲名师为癌症基因组一线高级研究人员;

2.      理论伴随在线软件实战训练(无需编程);

3.      两天集中学习,完整案例带您串联各类分析结果;

4.      图形化输出您的分析结果,为科研论著直接添砖加瓦。

名师简介:

1.      已发表癌症基因组学相关文章50余篇,总影响因子超过400分;

2.      昆士兰大学(The university of Queensland)生物学院研究员(世界50强名校);

3.      范德堡大学(Vanderbilt university)生物医学信息系博士后;

4.      参与Nucleic acids research, Oncotarget, Bioinformatics等近20家杂志同行评审;

5.      参与Bioinformatics conference等多个国际会议同行评审;

6.      曾连续5年担任ICIBM国际会议学术委员会成员;

7.      担任PLoS One, PeerJ, and PeerJ computer science等杂志编辑。

课程安排:

时间

内容

形式

第一天

8:30-9:00

报到缴费


9:00-9:15

开班仪式及自我介绍


9:15-12:00

1.癌症基因组学知识储备



1.1 研究现状

讲解


1.2 数据类型(WGS, WES, ChIP-seq, RNA-seq, Methylation)

讲解


茶歇(10-15分钟)



1.3 数据资源(TCGA, ICGC)

实战

14:00-17:00

2.案例主题的确定及功能分析



2.1范文解读及基因列表分析的

讲解


2.2通路水平的功能分析   (Gene ontology and KEGG)

实战


2.3缩小研究关注基因集合   (Excel)

实战


茶歇(10-15分钟)



2.4 基因cBio的突变频率及生存分析(Excel)

实战

17:00-17:30

答疑

讨论





第二天

9:00-12:00

3.基因表达数据分析



3.1 表达数据的目的及意义(group-based/time course)

讲解


3.2 表达数据的下载   (GEO dataset)

实战


3.3 lncRNA/RNAseq公司报告为例,解读差异表达分析结果。如何从报告中提取有用信息及图表。

讲解+实战


茶歇(10-15分钟)



3.4 热图Heatmap分析 (Excel, Heml)

实战

14:00-16:00

4.网络及生存分析



4.1 网络分析原理及数据获取   (pathway commons)

讲解


4.2 Cytoscape网络可视化分析

实战


茶歇(10-15分钟)



4.3 基于表达数据的生存分析   (KM-express)

实战

16:00-17:00

5. 案例分析结果讨论

讲解


5.1 范文再解读及强化已经学习的分析手段

讲解


5.2 批量产生图并且组织图表(Illustrator and Photoshop)

实战

17:00-17:30

答疑

讨论

报名信息:

培训费:73日前费用1800/人,当天缴费:2400/人(含午餐和茶歇)

座次:按照缴费先后顺序排座

开票内容:缴费后发票:技术服务费

招生人数:60人(满额60人)

参会须知:自带笔记本电脑

会议详情:

时间:201976日、7日(周六-周日)全天

地点:天津市汇高花园酒店白堤路236号增1