宇玫博癌症基因组学培训班圆满成功!(文末有干货)

2019-07-10

“绿树阴浓夏日长,楼台倒影入池塘。”随着炎炎夏日的到来,奋斗在癌症基因组学科研一线的同志们并没有休息,而是开始了忙碌的充电生活。经过两天充实的培训,宇玫博人使得他们的努力变得更有意义。



跨界是当下比较时髦的词,有人说:“干掉你的不一定是同行,有可能是跨界!”生物信息学是横跨生物医学和计算机两大学科的高门槛、高难度的一门学科,不仅需要深厚的生物医学功底,还需要懂得计算机编程、算法,可以说这类人就是我们眼中的“大熊猫”式人才。这类人给两个高端学科架了一座桥梁,让我们畅游在桥上,用云计算来服务于癌症基因组学的蓝天和白云!我们称这类人是跨越式顶尖人才,他们是最可爱的人!



宇玫博总经理高博博士,邀请他的大学同学回国全程负责此次培训的讲解和实操演练。此人武功高强,内力深厚!从事生物信息分析已经有15年之久、发表生信相关文章50多篇、总影响因子超400分、世界50强名校昆士兰大学生物学院研究员、范德堡大学生物医学信息系博士后、参与Oncotarget等近20家杂志同行评审、参与多个国际会议同行评审、曾连续5年担任ICIBM国际会议学术委员会成员、担任PLoS One等多个杂志编辑。厉不厉害,帅不帅气?看到没,我们是认真的!是经过精心准备和策划的,最主要是还有水晶框证书哦!



不但大咖莅临,还能带您起飞,听听学员的学习心得吧。“我是一名医生,我完成培训后,学会了做图,神马热图,火山图等等都不在话下。感觉以后终于能看懂别人给我的原始数据了,我还能根据自己的需求做一下分析。”“我是一名副教授,我觉得通过培训,给我提供了更好的思维方式,为我能在以后的研究中做深度思考提供了理论基础和思考方向。”“我是一名研究生,学会生物信息分析,文献可以看懂了,我可以尝试自己分析了,帮导师能节省不少经费。”听了学员的话,我们深感欣慰!


您可能会问,到底老师都讲了啥?让同学们能学习到这么多内容啊。我们先来搂一眼提纲吧。包含五大内容:癌症基因组学知识储备、案例主题的确定及功能分析、基因表达数据分析、网络及生存分析、案例分析结果讨论。可以用干货满满来形容。



小编大致梳理了部分重要提纲给想做癌症基因组学研究的同志们看一看。千万别错过哦!


首先,癌症的发生是有一些基本规律的。1.癌细胞的形成及发展是时间积累的结果。2.癌症细胞里面有多少突变取决于癌症类型年龄以及DNA自我修复的能力。3.结构变异在不同癌症类型里面差异非常大。这也是为啥换个人群、数据还有做头的原因。4.癌化突变往往集中在一些核心的细胞功能。5.区分“驱动”突变与“伴随"突变是癌症基因组分析的核心。6.做这么多研究发现这么多突变的目的是什么?靶向治疗。7.靶向治疗后癌症复发很常见,这主要是由于癌细胞亚群的存在。8.即使在相同的肿瘤组织中,不同的细胞也可能有不同的突变。9.癌细胞亚细胞群和转移基因相关,分叉形成各种细胞亚群。


其次,癌细胞基因组是动态变化的。1.某些突变反映父系或母体生殖系变异。2.其它的体细胞突变是时间积累的结果,例如长期暴晒。3.驱动突变促进癌症发生发展, 随机突变也是到处存在,去伪存真很难。4.驱动突变不是一成不变的,所以癌细胞不断的演化分异。5.有些突变可以治疗,有些真的无能为力。6.有些即便暂时搞定也会复发。



第三,测序数据的细节决定质量。1.二代测序的大体流程。2.了解检测癌症基因组变异的不同生物信息学方法。3.测序深度的含义,测序深度决定突变检测的精度,和公司谈判价格有用哦,深度越高价格越贵。4.测序深度必须达到一定阈值才能检测到那些低纯度或者高度多倍化的癌细胞。5.不管多深,都还有深不见底的突变检测不到。6.转录组深度不仅仅取决于技术,还取决于基因表达量。7.自己可以利用IGV看公司给的VCF结果。8.癌症样本往往取样时候混合了很多的正常细胞。9.如果经费充足、多个公司的不同技术平台交叉验证是最好的。10.血液中游离的癌细胞DNA或者癌细胞太少了。而且需要很高的测序深度。11.血液中游离的癌细胞DNA或者癌细胞的量往往和临床进展有关。12.如何批量解读突变数据一般公司有流程可以做,不过可以同公司讨论特定需求。


第四,功能富集分析的数据准备。1.数据必须要规范。2.背景选择要有数,默认是全部编码蛋白作为背景。3.虽然功能富集分析使用的统计学可以增加信号,为您的实验数据结果分析减少无关的噪音。4.基因列表的长度,多少合适。5.最关键的是你输入的gene ID或者gene  symbol必须要正确。



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